Flatvær naturreservat består av to områder. Ett område består av Flatværet og holmer og skjær nord for Nordkvaløya. Det andre området består av Store og Lille Lyngøya og holmer og skjær noen km lenger øst. Hele naturreservatet ligger i Karlsøy kommune. Området ligger inne i Ytre Karlsøy marine verneområde som ble vernet 23. juni 2020.